Crê-se que a história da abadia do monte Saint-Michel remonte a 708, quando Aubert, bispo de Avranches, mandou construir no monte Tombe um santuário em honra a São Miguel Arcanjo Saint-Michel. No século X, a Abadia serviu de residência aos monges Beneditinos e assim deu lugar ao crescimento de uma pequena vila ao seu redor.
Durante a Guerra dos Cem Anos, entre França e Inglaterra, o Monte Saint-Michel foi uma fortaleza impenetrável, resistindo a todas as tentativas inglesas de tomá-lo, transformando-se, desta forma, num símbolo de resistência da identidade nacional francesa.
Após a dissolução da ordem religiosa, por ocasião da Revolução Francesa ,de 1789 até 1863, o Monte foi utilizado como prisão.
Declarado monumento histórico em 1987, o local figura desde 1979 na lista dos Patrimónios Mundiais da UNESCO.